まず、天然のクロロフィルは、一旦生体から取り出すと光や空気中の酸素に犯され変性してしまいます。一方、銅クロロフィリンナトリウム(CuクロロフィルNa)や鉄クロロフィリンナトリウム(FeクロロフィルNa)などの人工のクロロフィルは植物の葉成分からの抽出物をアルカリにより鹸化(脂質成分の加水分解)して水溶化させ、酸により沈殿させることなどの繰り返しにより分離精製します。その過程でクロロフィル分子の持つマグネシウム (Mg)は取り除かれ、フィチル基も除かれ、電子伝達系に関与するクロリン環、V環も開列し、他の側鎖の基も酸化されます。マグネシウムの除かれたクロロフィルは茶褐色のため、マグネシウムを銅 (Cu)や鉄(Fe)に置き換え緑色に復元させた"擬似クロロフィル" なのです。
そのため天然クロロフィルは人工のクロロフィルと違って副作用や使用制限がなく、正常な細胞には不要物とされますが弱った細胞には真価を発揮すると考えられています。