世間でクロロフィルと呼ばれているものの大半は人工のクロロフィルか、分解変性した阻製のクロロフィルです。クロロフィル研究所で精製しているクロロフィルは、植物の葉の中にあるそのまま無傷の分子構造を持っている天然クロロフィルのため、極めて高価なものです。それは植物から分離する際、高度な技術と時間が必要なことと、一旦生体から取り出すと光や空気中の酸素に犯され変性してしまうからです。そのため植物から分離する際、光や熱、酸素の変性を受けないように、生葉中の脂質、油脂、タンパク質や他の色素などから純粋に分離する際、有機溶媒のみを使って分離させるため高度な技術が必要になります。生葉中からわずか0.1％、乾燥粉末にされた緑藻(クロレラ)、藍藻(スピルリナ)からは0.5〜1％程度しか得られません。このように天然クロロフィルは不安定でかつ分離技術が難しく、時間もかかり高価なため人々は安定で安価なクロロフィルを作り出すようになったのです。それは植物の葉成分の抽出物をアルカリにより鹸化(脂質成分の加水分解)して水溶化させ、酸により沈殿させることなどの繰り返しにより分離精製を行うものです。その過程でクロロフィル分子の持つマグネシウム (Ｍｇ)は取り除かれ、フィチル基も除かれます。電子伝達系に関与するクロリン環、Ｖ環も開列し、他の側鎖の基も酸化されます。マグネシウムの除かれたクロロフィルは茶褐色のため、それを補うため銅 (Ｃu)や鉄(Fe)に置き換え緑色に復元します。このようなクロロフィルは銅クロロフィリンナトリウム(CuクロロフィルNa)、鉄クロロフィリンナトリウム(FeクロロフィルNa)と呼ばれ、本来の天然クロロフィルの持つ光触媒、電子伝達性は失われてしまいます。そして銅、鉄クロロフィリンナトリウムは水溶性で安定、使いやすくきれいな緑色を有するため、クロロフィルと同等にされてしまったのです。それでは単に着色料としての食品添加物としか言えません。天然クロロフィルは人工クロロフィルとの基本的な違いに、以下のような用途で使用されます。
研究用試薬：大学や研究機関において光合成の研究、エネルギー変換の研究、環境計測の研究などに使われています。
医学的研究：クロロフィルより化学変性させたフェオフォーバイドはＰＤＴ（光化学治療）に使われ、レーザ光線と併用することによる、がん治療の研究が進んでおります。またそれはレーザと併用することにより耐性細菌に対する死滅効果があり、クロロフィル研究所は大学との共同研究によりその製品化にむけ取り組んでいます。
クロロフィル研究所と大学との共同研究を一部ご紹介。
・光感受性物質Ｎａフェオフォーバイトａを用いた光線力学的治療（ＰＤＴ）によるＭＲＳＡ関節炎マウスの治療効果の検討
・光感受性物質Ｎａ−フェオフォーバイドａを用いた光線力学的治療（ＰＤＴ）によるメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）殺菌効果の検討
健康食品：クロロフィルは遠い昔よりその医学的、薬学的効能効果が知られた物質で健康食品としても使われております。
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| クロロフィルａ（クロロフィル研究所製）と銅クロロフィリンナトリウム、鉄クロロフィリンナトリウムの吸収スペクトル |